Como hijo de familia campesina, tuvo desde temprana edad un contacto estrecho con la naturaleza. A causa de que su padre contrae tuberculosis, debe precozmente hacerse cargo del menudo ganado y, por ende, dejar de asistir a la escuela primaria.
Francisco Xavier Mayr frecuentaba el mercado para comprar y vender los animales. Bajo estas circunstancias, el adolescente desarrolla un agudo sentido crítico y comienza a observar la piel, la dentadura, la lengua de todos los animales; esta capacidad de observación lo transforma, a pesar de su corta edad, en un experimentado conocedor de animales.
Más tarde cursa la escuela secundaria en la ciudad de Graz y, aunque se enferma de tuberculosis como su padre, logra terminar sus estudios. En esta misma ciudad, ya curado, estudia medicina y en calidad de practicante, trabaja en el centro de curas en Gräfenberg teniendo como tarea la de masajear los abdómenes de los pacientes con diversas enfermedades intestinales entre las cuales la más común era la constipación crónica. Esta práctica lo lleva a Mayr a buscar una respuesta más científica acerca de los abdómenes enfermos. Ante esta necesidad después de largas y meticulosas observaciones y mediciones, Mayr desarrolla un diagnóstico que ulteriormente llevará su nombre.
Una vez obtenido el título de médico, vuelve un tiempo a Gräfenberg, al sanatorio de St Radegund, importante centro de enfermedades intestinales y, después, trabaja en diversos sitios como Johanisbrum, Troppan, Schlesien. A partir de 1906 en Karlsbad, por entonces considerada la Meca de las enfermedades digestivas, desarrolla sus experimentos más contundentes en el área de la investigación.
Su ejemplo fue Semelweis, el Padre de las parturientas quien decía que el lavado de las manos de los estudiantes no quedaban suficientemente purificadas como para no traer enfermedades. Mayr parte del supuesto que ninguno de sus pacientes posee un intestino sano y por lo tanto suficientemente limpio o depurado. Por eso a los pacientes con o sin dolencias digestivas o incluso con trastornos cardíacos, renales, articulares y hasta respiratorios, les indica la misma terapia: dieta liviana de cuidado digestivo, depuración intestinal mediante las aguas termales de Karlsbad y estimulación del intestino con el tratamiento manual del abdomen.
Regularmente el Dr. Mayr mide el abdomen de los pacientes y comprueba que durante el proceso de depuración las medidas se reducen, ya se encuentren sanos o enfermos los intestinos de los pacientes. De este modo Mayr elabora los primeros fundamentos del diagnóstico que lleva su nombre y en el que pueden observarse los signos de la salud. Esto se denomina diagnóstico de salud o diagnóstico Mayr que es el que determina a su vez la terapia Mayr.
En su tratamiento el Dr. Mayr utilizó -sea la patología que fuere- tres principios que como en alemán comienzan con «S» se las suele recordar como «Las Tres S».
Al cumplir 80 años, se retira de la praxis médica y son sus discípulos quienes continúan la obra iniciada. A partir de 1950 se funda la Sociedad de médicos Mayr.
